Nhiều vị lãnh đạo các cấp Giáo hội thiếu sự hiểu biết về công tác hành chính, duy trì điều hành công tác theo nề nếp cũ đã lỗi thời (lãnh đạo ở đâu là trụ sở đấy, lãnh đạo trực tiếp quản lý con dấu, vừa ký vừa đóng dấu, vừa làm thầy lại làm tớ), mang nặng hình thức quan hệ thầy trò.